Η Αρχή διενεργεί τακτικούς και έκτακτους ελέγχους σύμφωνα με το άρθρο 20 §1 στοιχ. α΄ Ν. 3305/2005 και το άρθρο 10 του Κανονισμού Λειτουργίας της Εθνικής Αρχής Ιατρικώς Υποβοηθούμενης Αναπαραγωγής (Αριθμ. αποφ. 1, ΦΕΚ Β΄166/13.2.2006). Οι τακτικοί έλεγχοι διενεργούνται στο πλαίσιο των αδειοδοτήσεων σύμφωνα με το άρθρο 20 §1 στοιχ. α΄  Ν. 3305/2005, τα άρθρα 9 και 10 §1 στοιχ. γ΄ της Απόφασης για την Ίδρυση και λειτουργία Τραπεζών Κρυοσυντήρησης. Όροι και Προϋποθέσεις (Απόφαση αριθ. Οικ. 6901, ΦΕΚ Β΄ 2639/08.12.2015) και τα άρθρα 12 και 13 του Π.Δ. 10/18.2.2016 για την Άδεια Ίδρυσης και Λειτουργίας Μονάδων Ιατρικώς Υποβοηθούμενης Αναπαραγωγής (Μ.Ι.Υ.Α.).Όροι και Προϋποθέσεις. Οι έκτακτοι έλεγχοι διενεργούνται κατόπιν καταγγελίας ή αυτεπαγγέλτως σύμφωνα με το άρθρο 20 §1 στοιχ. α΄  Ν. 3305/2005 και το άρθρο 10 του Κανονισμού  για τη Λειτουργία της ΕΑΙΥΑ (ΦΕΚ Β΄166/13.02.2006).

Κατά τη διενέργεια του ελέγχου, οι πραγματοποιούντες τον έλεγχο επιδεικνύουν εντολή αυτοψίας υπογεγραμμένη από την Πρόεδρο της Αρχής. Σε περίπτωση αναζήτησης εγγράφων ή ιατρικών φακέλων, η επιτροπή θα έχει άμεση και παραχρήμα πρόσβαση τόσο στο αρχείο των χάρτινων φακέλων όσο και στο ηλεκτρονικό σύστημα. Στην περίπτωση που η Μ.Ι.Υ.Α/Τ.Κ. δεν τηρεί τα αρχεία εντός της Μονάδας, η επιτροπή ελέγχου θα καταγράφει την παράβαση και θα ζητεί τη μετάβασή της στον τόπο τήρησης των αρχείων της Μ.Ι.Υ.Α/Τ.Κ. εντός χρονικού διαστήματος μισής ώρας. Η επιτροπή δεν οφείλει να αναμένει τον υπεύθυνο της Μ.Ι.Υ.Α/Τ.Κ., το δικηγόρο ή οποιοδήποτε άλλο πρόσωπο.